Наукова робота в Інституті екології та медицини (ІЕМ) організована за наступними напрямками:
- організація взаємодії з відповідними управліннями Міністерства освіти і науки (МОН) та Міністерства охорони здоров’я (МОЗ) України, Київською державною адміністрацією та їх головними спеціалістами за напрямком роботи ІЕМ;
- проведення роботи щодо пошуку науково-дослідних робіт (НДР) з метою участі кафедр ІЕМ у їх виконанні та впровадженні отриманих результатів досліджень в практику роботи МОЗ України;
- участь у науково-методичних конференціях та науково-практичних семінарах з проблем вищої освіти і науки в системі МОН та МОЗ України;
- участь у семінарах опорних кафедр вищих медичних навчальних закладів (ВМНЗ) МОЗ України з дисциплін кафедр ІЕМ;
- участь у міжнародних та інших наукових конференціях МОЗ, Національної академії наук, Академії медичних наук та Академії педагогічних наук України;
- організація та проведення наукових досліджень під час проходження виробничої практики студентами ІЕМ;
- розробка наукових праць та подання їх встановленим порядком до друку у фахових виданнях ВАК України та ін. виданнях;
- виконання дисертаційних досліджень;
- організація та проведення науково-практичних конференцій наукового товариства студентів та молодих вчених ІЕМ;
- видання збірників матеріалів за результатами роботи науково-практичних конференцій наукового товариства студентів та молодих вчених;
- сприяння участі науково-педагогічних працівників та студентів ІЕМ у міжнародних, всеукраїнських науково-практичних конференціях та семінарах.

В даний час в ІЕМ проводиться організаційна робота щодо виконання НДР “Вплив антропогенних факторів навколишнього середовища на здоров’я людини в умовах великого міста” (№ державної реєстрації 0107U002291), шифр “Екологія”. Уточнюється порядок фінансування та склад виконавців.

Проводиться робота по організації та проведенні 2-ї науково-практичної конференції наукового товариства студентів та молодих вчених ІЕМ (квітень – травень 2009 р.).

Кафедрою ортопедичної стоматології та ортодонтії виконується НДР “Розробка та удосконалення методів діагностики та лікування пацієнтів з дисфункційними станами нижньої щелепи, жувальних м’язів та скроневонижньощелепного суглобу”. Співробітниками кафедри отримано 7 патентів на винаходи та виконується 4 дисертаційних роботи на здобуття наукового ступеня кандидата медичних наук.
За останні 4 роки науковцями кафедри надруковано біля 12 статей у фахових журналах та біля 11 тез  доповідей на конференціях.

Кафедра терапевтичної стоматології з курсом дитячої стоматології уклала договір про співробітництво з Інститутом біоколоїдної хімії ім. Ф.Д. Овчаренка НАН України з метою випробування нових гідрогелевих матеріалів у стоматологічній практиці та розпочала наукову роботу у цьому напрямку.
Співробітниками кафедри ведеться активна профілактична робота серед дитячого населення Дарницького району міста Києва. На протязі 3 років викладачі кафедри розробили та впровадили профілактичну програму по гігієнічному навчанню та вихованню дітей дошкільного віку, яка має високу ефективність щодо профілактики основних стоматологічних захворювань.
Всі викладачі кафедри приймають активну участь у фахових конференціях, семінарах, стоматологічних форумах, а саме у І, ІІ та ІІІ з’їздах Асоціації стоматологів України, науково-практичних конференціях Національної академії післядипломної освіти, Української військової медичної академії України,  Донецького державного медичного університету, Львівського медичного університету, медичного інституту Української асоціації народної медицини.
За останні 3 роки науковцями кафедри надруковано біля 25 статей у фахових журналах, більше 15 тез  доповідей на конференціях.
Отримано 2 Державних патенту на винахід. Розроблено 6 методичних  рекомендацій.
Наукові розробки кафедри використовуються у навчальному процесі та лікувально-консультативній роботі.

Кафедра хірургічної стоматології з курсом дитячої хірургії виконує НДР “ Вивчення та застосування стоматологічних титанових імплантатів гвинтового типу системи Rаdiх та  Vitaplant”.

За участю Інституту проводиться НДР за замовленням Держжитлокомунгоспу України “Розробка демонстраційного проекту застосування ультрафіолетового методу знезараження стічної води в умовах водопровідно-каналізаційного господарства” (науковий керівник роботи – к.т.н. Мельниченко В.О.) з впровадженням на очисних спорудах стічної води в м. Новгород-Сіверський.
Співробітники Інституту активно підвищують наукову кваліфікацію. Так, завідувач кафедри внутрішніх хвороб Карпенко О.І. підготував дисертацію на здобуття наукового ступеня – доктора медичних наук, ассистент цієї ж кафедри Гупало Ю.М. підготував дисертацію на здобуття наукового ступеня кандидата медичних наук. Гончарук О.О. захистив дисертацію на здобуття наукового ступеня доктора медичних наук.
Костинський Г.Б. та Мельниченко В.О. є членами науково-технічної Ради при Київському міському голові.
За участю Інституту надані на розгляд науково-економічної ради при Київраді 6 запитів на включення в перелік наукових робіт 2008 20011 рр. виконання наукових робіт і їх фінансування з бюджету м. Києва: “Розробка та виготовлення дослідно-промислової установки для екологічно чистої утилізації медичних біологічних відходів»; “Розробка та виготовлення дослідно-промислової установки для екологічно чистої утилізації медичних відходів полімерного походження”; “Розробка пілотного проекту з оснащення свердловини артезіанської води ультрафіолетовою знезаражуючою установкою, проведення дослідно-промислової експлуатації та гігієнічних досліджень щодо знешкодження залізо – та сіркобактерій в умовах водопровідно-каналізаційного господарства”, «Розробка пілотного проекту з оснащення проблемних за мікробіологічними показниками бюветних комплексів артезіанської води ультрафіолетовою знезаражуючою установкою, проведення дослідно-промислової експлуатації та гігієнічних досліджень», «Розробка пілотного проекту з оснащення бойлерної на житловому масиві «Оболонь», «Троєщина» ультрафіолетовою знезаражуючою установкою, проведення дослідно-промислової експлуатації та гігієнічних досліджень щодо знешкодження залізо – та сіркобактерій у технологічній воді системи гарячого водозабезпечення», «Розробка пілотного проекту з оснащення заправочної станції автомобільним паливом пристроями для магнітної активації палива, проведення дослідно-промислової експлуатації та досліджень впливу магнітної активації палива на рівень шкідливих викидів автомобільних двигунів у повітря, соціально-економічних результатів впровадження розробки».
Науково-педагогічні працівники Інституту активно публікуються в наукових виданнях. Тільки у поточному навчальному році опубліковано у медичних та екологічних виданнях більше 30 статей та доповідей. Найбільш активними науковцями в Інституті є доктори наук: Нарожнов В.В., Костинський Г.Б., Костинська Н.Є., Козлов А.Г., Мірза О.І., Гончарук О.О., Пліска О.І.,  Богданов Г.Б., Талько В.В.; кандидати наук: Салюта М.Ю., Борисова І.В., Карпенко О.І., Васильєва І.В., Денека Є.Р., Мельниченко В.О., Семяннікова О.І.
Співробітниками Інституту видані підручники та посібники. Зокрема: професор Рибальченко В.К. – “Медична біологія практикум”, “Физиология и биохимия пищеварения животных и человека», «Біохімія”, “Цитологія травлення”, “Методичні вказівки до практичних занять з медичної біології”; професор Пліска О.І. – “Фізіологія”.
Професор Костинська Н.Є. – “Клиника и лечение легкой закрытой черепно-мозговой травмы», «Лекарственные растения для детей»; к.м.н. Слободяник Г.І.-  «Способи консервування трупів».
Професор Нарожнов В.В. є співавтором 5 навчальних підручників - “Епідеміологія екстремальних умов з курсом військової епідеміології”, 2002 р; “Військова гігієна з гігієною при надзвичайних ситуаціях”, 2005 р.; “Організація медичного забезпечення військ”, 2005 р.; “Гігієна та екологія (на української мові)”, 2006 р.; “Гігієна та екологія (на російської мові)”, 2008 р.

Співробітники Інституту приймають активну участь у національних та міжнародних наукових конференціях. Найбільш активними є Борисова І.В., Костинська Н.Є., Нарожнов В.В., Гончарук О.О., Карпенко О.І., Салюта М.Ю.
Під керівництвом Мельниченка В.О. за участю науково-педагогічних працівників інституту – д.мед.н., доцента Мірзи О.І., к.мед.н., доцента Борисової І.В., Боженка В.М., Брантової О.І., Коки М.В. розроблені електронні посібники для студентів та викладачів для підготовки та перевірки знань в обсязі ліцензійних іспитів Крок 1 Стоматологія., Крок 1 Лікувальна справа, Крок 2 Стоматологія.
Для залучення викладачів та студентів до науково-дослідної та науково-практичної роботи, навчання їх основам підготовки та проведення експериментів, аналізу отриманих результатів та формулювання науково обгрунтованих висновків в Інституті створена науково-дослідна лабораторія нових екологічних та медичних технологій і обладнання.
В Інституті створена студентська наукова рада під науковим керівництвом професора Козлова А.Г.
Студенти Інституту приймають активну участь у міських олімпіадах, зокрема у олімпіадах з гістології, ембріології та цитології під керівництвом професора Костинського Г.Б., у інститутських наукових студентських конференціях.
Інститутом укладений договори з Національним еколого-натуралістичним центром учнівської молоді щодо залучення талановитої шкільної молоді до наукової роботи з екологічного напряму.

Інститут сумісно з Науково-технічним спільним підприємством (НТСП) “Укрінком” (04060, Київ, вул. Котовського, 28/1, т. 8(044)–453-90-48) проводить впровадження в практику роботи лікувальних закладів України бактерійного препарата “Окарін” – нового вітчизняного еубіотика, створеного на основі трьох штамів кишечної палички та одного штама ентерокока, які є представниками нормальної аутофлори кишечника людини.
Бактерійний препарат "Окарін" виробляється НТСП “Укрінком” по оригинальної технології з використанням НОУ-ХАУ та біогенних стимуляторів рослинного походження.
Механізм дії "Окаріна" є багатофакторним і, поряд з прямим впливом на мікрофлору, він сприяє стимулюванню репаративних процесів в слизової оболонки кишечника, підтримує клітинні протипухлинні реакції (нормалізує індекс некрозу пухлинних клітин - ІНПК) та підвищує загальну неспецифічну резистентність організму людини.
Препарат "Окарін" обладає антагоністичними властивостями у відношенні багатьох умовно патогенних мікроорганізмів – збудників гострих кишкових інфекцій та ін. - Sh. flexneri, Sh. sonnei, S. enteritidis, S. thyphimurium, Stарh. aureus, Ps. aerogenosa, Pr. vulgaris. У зв’язку з цим він використовується з метою профілактики та лікування гострих кишкових інфекцій та харчових отруєнь.
Анотація на бактерійний препарат "Окарін" (детальніше ...).